Kirish Mavzuning dolzarbligi

II-bob. Asosiy qism

2.1. PIRSF haqida ma’lumot va qo’llanmalar

PIRSF - oqsillarini tasniflash tizimi - bu to'liq uzunlikdagi oqsillar va domenlarning evolyutsion munosabatlarini aks ettiruvchi superfamilalardan subfamilalarga qadar ketma-ketlik xilma-xilligining ko'p darajalariga ega bo'lgan tarmoq. Birlamchi PIRSF tasnifi birligi gomeomorf oila bo'lib, uning a'zolari ham gomologik (umumiy ajdoddan kelib chiqqan) va gomeomorf (to'liq uzunlikdagi ketma-ketlik o'xshashligi va umumiy domen arxitekturasini almashish) bo'ladi. Avtomatik ravishda yaratilgan oqsil klasterlari a'zolik, domen arxitekturasi, ketma-ketlik xususiyatlarining izohlari va iloji bo'lsa, o'ziga xos biologik funktsiyalar va biokimyoviy faoliyat uchun qo'lda tanlanadi. PIRSF funktsional sayt va oqsil nomini ko'paytirish va standartlashtirish qoidalariga ega bo'lgan protein oilalarini taklif qiladi, shuning uchun protein identifikatsiyasining sezgirligini va funktsional xulosani oshiradi. Proteinlar ketma-ketligini PIRSF ma'lumotlar bazasiga nisbatan qidirish uning funktsiyasini BLAST qidiruviga qaraganda tezroq va aniqroq baholash imkonini beradi. Bu ko'plab noto'g'ri izohlar, asosiy oqsil funktsiyasidan tashqari domenga asoslangan eng yaxshi xitlar, soxta xitlar va boshqalar kabi tuzoqlardan qochadi.

PIRSF ta'riflari

-Kuratsiya holati

Kuzatilmagan: kompyuterda ishlab chiqarilgan protein klasterlari, qo'lda kurasiya qilinmaydi. Klasterlar juftlikka asoslangan parametrlar (% ketma-ketlik identifikatori, ketma-ketlik uzunligi nisbati va bir-biriga mos keladigan uzunlik nisbati) va klasterga asoslangan parametrlar (% mos keladigan a'zolar, qo'shni klasterlargacha bo'lgan masofa va umumiy domen joylashuvi) yordamida hisob-kitob asosida aniqlanadi.
Dastlabki: Kompyuter tomonidan yaratilgan klasterlar aʼzolik (oqsillar tayinlangan klasterga tegishlimi?) va domen arxitekturasi (Pfam domenlari N-dan C-terminlarigacha sanab oʻtilgan) uchun qoʻlda tanlanadi.
To'liq/To'liq (ta'rifi bilan): Proteinlar oilasiga ism beriladi va mavjud bo'lganda unga qo'shilgan havolalar ro'yxati beriladi. Ko'pgina hollarda, shuningdek, qisqacha tavsiflar ham beriladi.
-PIRSF a'zoligi
To'liq (F): ketma-ketlik o'xshashligi va umumiy domen arxitekturasini almashadigan oqsillar.
Assotsiatsiya (A): uzunligi oila uzunligi oraligʻidan tashqarida boʻlgan aʼzolar, jumladan, ketma-ketlik boʻlaklari, muqobil qoʻshilish va muqobil inisiator variantlari va proteolitik ishlovdan olingan peptidlar, ular kelib chiqadigan kontseptual ketma-ketlikka ega boʻlgan assotsiatsiya aʼzolari sifatida tasniflanadi. Assotsiatsiya a'zolari, shuningdek, atipik domen arxitekturasiga ega bo'lgan individual oqsillarni ham o'z ichiga oladi (shuningdek, hali alohida subfamilani tashkil etmagan).
Seed (S): to'liq a'zolar, ular oilaga xos to'liq metrajli va domen HMM'larini yaratish uchun ishlatiladi. Qidiruv maydonida PIRSF aʼzoligidan foydalangan holda iProClassda qidiruvni amalga oshirish uchun quyidagi formatlardan foydalaning: Toʻliq, Seed yoki Associate uchun mos ravishda PIRSFxxxxxx:F, PIRSFxxxxxx:S yoki PIRSFxxxxxx:A, xxxxxx PIRSF raqamidir.
-PIRSF nomi dalil teg
[Tasdiqlangan]: oilaning kamida bitta a'zosi eksperimental tasdiqlangan funktsiyaga ega ekanligini ko'rsatish uchun.
[Prognoz qilingan]: funktsiyalari ketma-ketlik o'xshashligi va/yoki funktsional assotsiativ tahlil asosida hisob-kitob asosida chiqarilgan oilalar uchun.
[Taxminan]: tajriba dalillari hal qiluvchi bo'lmagan holatlar.