Molekulyar dinamika və metadinamika

Şəkil 2.2.6. DL.POLY [26] paketinin giriş və çıxış faylları 
RasMOL ən müxtəlif konfiqurasiyaların, sadə molekullardan 
mürəkkəb zülallara qədər, vizuallaşmasını və qrafik faylların 
standart formada eksportunu təmin edir. 
Molekulyar‐dinamika modelləşmənin nəticələrinin real zaman 
miqyasında monitorinqi üçün istifadə edilən paketlər ıçərisində 
tədqiqatlar üçün sərbəst yayılan MOLMOL güclü qrafik paketi geniş 
yayılmışdır [25]. MOLMOL paketi üç ölçülü fəza quruluşlu sadə və 
mürəkkəb molekulların vizualizasiyası və animasiyası üçün geniş 
imkanlar yaradır. 
DL.POLY
CONFIQ:
hüdud şərtləri
,
atomların koordinatı,
sürət, güç
OUTPUT:
enerji, temperatur,
təzyiq sistemin son 
konfiqurasiyasında;
x
i
,y
i
,z
i
,v
x
i
,v
y
i
,v
z
i
,F
x
i
,F
y
i
,F
z
i
REVCON:
sistemin aralıq 
konfiqurasiyası
(tələb olunduqda)
HISTORY:
sistemin dinamikası 
haqqında məlumat olan ən 
böyük fayl;
(vizuallaşma üçün)
FİELD:
molekul quruluşu,
atomun kütlə və yükü,
qarşılıqlı təsirin tipi,
potensialların parametri
CONTROL:
vaxt addımı,
vaxt hesabı,
termodinamiki 
parametrlər

---

Molekulyar dinamika və metadinamika 
119
Yumurta qabığının sirri [27] 
Yumurtanın sirrini həll etmək üçün alımlər superkompüterdən 
və metadinamika proramından istifadə etdilər. Müəlliflərdən biri, 
Warwick
universitetindən doktor David Quigley belə izah edir: 
Metadinamika – molekulyar dinamikanın genişləndirilmiş versiyasıdır, 
xüsusən maddənin nizamsız və nizamlanmış halları arasında keçidləri 
daha yaxşı modelləşdirir (şəkil 2.2.7) 
Toyuq necə olur ki, bir gecəyə qalın və qismən davamlı yumurta 
qabığını yaradır? Bu molekulyar sirri Уорика Yorik (University of War‐
wick) və Şeffild (University of Sheffield) universitetlərindən olan 
tətqiqatçılar açdılar.
Tədqiqatçılar çoxdan müəyyən etmişdilər ki, yumurta qabığının 
formalaşmasında mühüm rolu zülal ovokledidin‐17 (OC‐17) oynayır; 
bu maddə yumurtanın mineral hissəsinndə aşkar edilmişdir. 
Təcrübələr göstərdi ki, OC‐17, amorf kalsium karbonatın CaCO
3
, bərk 
qabığın əsas materialı olan kristallik kalsitə çevrilməsini təmin edir. 
Lakin zülalın işinin mexanizmi hələ məlum deyildi. Alimlər bu 
məsələni həll etmək üçün yumurta qabığının formalaşmasında iştirak 
edən molekulun modelini superkompüterə daxil etdilər. Məlum oldu 
ki, OC‐17 –nin iki həlqəsində olan aminturşu argininin iki qrup qalığı,
qısqac və qandal kimi işləyərək, kalsium‐karbonatın nanohissəciklərini 
ələ keçirir və böyüyən nanokristala çevirir. Lakin ən maraqlı 
hadisələr sonra baş verir. Tədqiqatçılar OC‐17 zülalının çox incə 
yüksək effektli təkrar istifadə prosesini aşkar etdilər. Aydın oldu 
ki, kristal böyüdükcə, onu saxlayan zülal rabitə qüvvələri (qısqac) 
zəifləyir və nəhayət, nanokristal qısqacdan qoparaq müstəqil 
böyüyür. Maraqlı odur ki, zülal qısqacından qopma CaCO
3
nano‐
hissəciyində kristal özəyi yarandıqda baş verir və buna görə də, 
kristallaşma prosesi–yumurta qabığının formalaşması davam edir. 

---

Molekulyar dinamika və metadinamika 
120